Worknote: RStudio und Anaconda-Python

Hatte ich hier noch beklagt, daß man in RStudio zwar auch Python-Skripte ausführen kann, dieses aber nur auf das System-Python von Apple (ein Python 2.7.5), nicht aber auf mein installiertes Anaconda-Python 3 zurückgreift. Ende des Jahres hat nun Bruno Rodrigues in seinem Blog einen Beitrag mit dem Titel »R or Python? Why not both? Using Anaconda Python within R with {reticulate}« veröffentlicht und der verspricht, daß mithilfe des RStudio-Pakets {reticulate} dieses nun möglich sein soll.

Einfach das Paket importieren:

library(reticulate)

und dann mit Python loslegen:

```python
your python code here
```

Damit wird aber erst einmal nur Python-Code formschön innerhalb eines RMarkdown-Chunks eingetippt und formatiert. Wenn man Python interaktiv nutzen will, muß man auch noch die Funktion repl_python() vorher aufrufen, die den Interpreter startet.

Nun greift der Interpreter aber immer noch auf das System-Python zu. Will man sein Anaconda Python stattdessen nutzen, muß man mit use_pyrthon() RStudio erst noch mitteilen, welches Python man verwenden will:

# This is an R chunk
use_python("~/anaconda3/bin/python")

Natürlich müßt Ihr den Pfad gemäß Eurer Installation anpassen.

Danach soll man Python- und R-Code wild mischen können und mithilfe des R Notebooks-Interfaces RMarkdown-Dokumente mit einzelnen Programm-Chunks als reproduzierbare Seiten im Sinne von literate programming auszuliefern.

Damit ergeben sich völlig neue Möglichkeiten für RMarkdown Websites und/oder Bookdown-Publikationen, auch für Menschen, die nicht in R, aber eben in Python programmieren.

Caveat: Ich habe diese Funktionalität noch nicht getestet und weiß auch noch nicht, ob nun – wie versprochen – die Matplotlib innerhalb von RStudio läuft. Ich werde das alles mal an einem Beispiel ausprobieren und dann berichten.

Aber zuerst muß ich R und RStudio auf meinem neuen (alten) Macbook Pro installieren. Still digging!

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